Ni kan enkelt åka till Koufunissi både från Paros och Naxos dock med fördel Naxos tack vare fler direktförbindelser. Amorgos har också bra förbindelse med Koufunissi men är ju ändstationen på rutten från Aten så att säga.
Om jag förstår er rätt tänker ni inte besöka Amorgos och då är alternativet Aten - Naxos - Koufunissi - Paros - Aten det bättre alternativet. Att avsluta med den ö som ligger närmast flygplatsen och som har bra förbindelser är ofta ett gott val.
Utbudet av nattbåtar på rutten Naxos - Paros - Aten tror jag är begränsat men kvällsbåtar finns desto fler. Iofs kan tidtabeller ändras men kolla ändå gärna på
http://www.gtp.gr/RoutesForm.asp för att få en uppfattning av vilka förbindelser som finns för den tid ni ska åka.
/Ozogott